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Text File  |  1995-03-04  |  2.7 KB  |  60 lines
  1. **********************************************
  2. * Fos/jun DNA-binding basic domain signature *
  3. **********************************************
  4.  
  5. Recent  studies  (reviewed in [1,2]) have  allowed  the characterization of  a
  6. family of  eukaryotic transcription  factors  that bind DNA at   the consensus
  7. sequence 5'-TGA(C/G)TCA-3'.  Proteins  known  to belong  to  this  family  are
  8. listed below (references are only provided for recently determined sequences).
  9.  
  10.  - Yeast GCN4 transcription factor, a component of  the general control system
  11.    that  regulates  the  expression of  amino  acid-synthesizing   enzymes  in
  12.    response to amino acid  starvation, and the related Neurospora crassa cpc-1
  13.    protein.
  14.  - Neurospora crassa cys-3 which turns on  the expression  of structural genes
  15.    which encode sulfur-catabolic enzymes [3].
  16.  - Transcription factor AP-1, which binds  selectively to enhancer elements in
  17.    the cis control regions of SV40 and metallothionein IIA.   AP-1, also known
  18.    as c-jun, is  the  cellular  homolog  of the avian sarcoma virus 17 (ASV17)
  19.    oncogene v-jun.
  20.  - jun-B and jun-D,  probable transcription factors which  are  highly similar
  21.    to jun/AP-1.
  22.  - Epstein-Barr virus trans-activator protein BZLF1 [4].
  23.  - Maize Opaque 2 [5], a  trans-acting transcriptional  activator  involved in
  24.    the regulation of the production of zein proteins during endosperm.
  25.  - The fos protein, a  proto-oncogene  that  forms  a  non-covalent dimer with
  26.    c-jun.
  27.  - The fos-related proteins fra-1, and fos B.
  28.  
  29. It has been shown [6] that there are  extensive similarities  between the DNA-
  30. binding domain of GCN4, which is located in the C-terminal of the protein, and
  31. the corresponding region of jun/AP1.     The region of highest similarity is a
  32. domain of about 20 amino acid residues; about half of these residues are basic
  33. (Arg or Lys).
  34.  
  35. In most of these protein this domain is located upstream of the leucine zipper
  36. domain (see the relevant section).
  37.  
  38. -Consensus pattern: [RK](2)-x-[RKS]-N-x(2)-[STA](2)-x-[RK]-x-R-x-[RK]
  39. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  40. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  41.  
  42. -Note: the residue in position 4 is either Arg or Lys except in Opaque-2 where
  43.  it is Ser.
  44.  
  45. -Last update: December 1991 / Text revised.
  46.  
  47. [ 1] Vogt P.K., Tjian R.
  48.      Oncogene 3:3-7(1988).
  49. [ 2] Curran T., Franza B.R. Jr.
  50.      Cell 55:395-397(1988).
  51. [ 3] Fu Y.-H., Marzluf G.A.
  52.      J. Biol. Chem. 265:11942-11947(1990).
  53. [ 4] Farrel P., Rowe D.T., Rooney C.M., Kouzarides T.
  54.      EMBO J. 8:127-132(1989).
  55. [ 5] Hartings H., Maddaloni M., Lazzaroni N., Di Fonzo N., Motto M.,
  56.      Salamini F., Thompson R.D.
  57.      EMBO J. 8:2795-2801(1989).
  58. [ 6] Vogt P.K., Bos T.J., Doolittle R.F.
  59.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 84:3316-3319(1987).
  60.